南方抗日军从它在母腹中到取消，一直是一个矛盾的综合体，也是党的领导由弱到强的一个过程。
构成南方抗日军基本力量，是华中红军离开根据地后，留守苏区失败后，分散在南方8省打游击的13支红军游击队，多的有千余人，少的仅2、300人。而且都是在接到集结命令后突击招收大量新兵后形成的。
矛盾的高层次是国共两党都竭力要控制这支新组建的部队。
国民党蒋介石，批准组建南方抗日军的目的，一方面是抗战急需，另一方面也是想把南方坚持斗争的红军余部收归已用，让抗战的后方治安稳定下来。
组建之初，国民党从装备、款项上也还算是经心。
为了控制这支部队，蒋介石从其他国民党军队，抽调大批军官来当南方抗日军各级的军事主官，遭到**的拒绝。
**为加强对南方抗日军的领导，应方仁德和公孙挺的要求，针对南方坚持三年艰苦战斗的同志，主要是游击战斗，缺乏打大仗和运动战、阵地战的经验，狠心从长征部队中抽调了大量军事干部，来南方抗日军任职。
包括袁家平和吴焜在内的103名第一批南调干部，名单和拟任职务，经总部政志局研究后，由东方宏审签。
后来，又分批次派了大量经过抗大学习的干部来南方抗日军任职。
总部很慷慨，北方抗日军在华北铺开后，部队扩编十倍以上，干部奇缺，可仍继续调干部南下。
西方军的三大主力纵队，88纵队、25纵队、93纵队在抗大学习的干部，很多都调来了南方抗日军，这些干部，无不是身经百战，具有指挥谋划才能的骁勇悍将。
中层的矛盾，是在南抗军的内部，干部又分为南方坚持干部、南下干部、社会上参加的抗日干部三大来源，从而形成三方争雄的矛盾。
南方抗日军的军长公孙挺，北伐名将，曾经是共产国际任命的红军总司令，但他没有创建保卫根据地和长征的经历，中间脱党出了国。
这次复归，为把南方抗日军建设成一支能征惯战的劲旅，他不但请求总部派干部，自己也邀请了许多在国民党军中和脱离军队的旧部来南方抗日军。
这些干部，战斗经验也较为丰富，面对倭寇入侵，民族危亡的时刻，这些干部的抗日热情很高。但他们跟国民党方面，有密切的联系，有的甚至持有拥蒋抗日**的立场。为保证南方抗日军的战斗力，公孙挺当然希望能打仗的旧部下，能担任重要的职务。
方仁德是红军主力长征后在南方坚持斗争的第一负责人，能活下来就是劳苦功高，他担任过军委首席，对南方的情况熟悉，可惜没有战场指挥经验，手中更有大把的南方坚持干部，加上他同东方宏、洪道的矛盾。
于是他一方面对南下干部来南方抗日军工作，持可有可无的态度，他认为南方坚持干部，完全可以挑起各级军事单位的大梁。
所以他坚决打压南下干部，把总部和拟定的职务，几乎全部压低一级使用。
这也埋下了他主政南方抗日军时期，南方抗日军战力提不高，局面打不开的伏线。
红军长征后，南方八省的十多块小块的根据地都与上级失去了联系，没有统一协调的指挥，各自独立求生存，造成了一些不合谐的矛盾。