他还通过解剖和品尝药物等方式深入研究，提高对药物特征的认识和辨析能力，如为确定曼陀罗花的药性，他一方面阅读前人书籍，另一方面亲自到武当山访问药农，最终证实风茄儿与曼陀罗为同一种药物，且须与火麻子花同用才有麻醉作用，从而为病人减少医治痛苦。
李时珍还采用的科学分类。通过比较方法，他纠正了众多本草的错误，包括名字错误、药物产地错误等。
李时珍一生为医学事业鞠躬尽瘁，除了医学巨着《本草纲目》，还着有《浙湖脉学》和《奇经八脉考》等书。因为常年劳累，身体早已不堪重负。在完成《本草纲目》没多久，他就病倒了。尽管徒弟们四处寻医问药，可他的病情还是日益加重。李时珍于明万历二十一年（1593年）去世，享年75岁。
明朝除了李时珍，还有许多其他杰出的中医学家。
《滇南本草》由明代云南嵩明人兰茂所撰，是中国现存地方性本草书籍中较为完整的作品，比《本草纲目》成书更早，约早142年。 是我国第一部地方本草专着。书中不仅详细记载了云南草木蔬菜中可用于药者，还记录了许多少数民族医药与汉族医药相互结合的实例，记述了许多药材疗效的经验及民间秘方等。
记载地方特色药物：首次记载了如仙鹤草、川牛膝、川草乌、贝母等众多药物，还包括不少来源于彝族药的药材，如滇重楼、滇黄精、滇龙胆、云黄连、金荞麦等。
徐春甫（1520—1596）祁门（今安徽歙县）人。出身于诗书之家，因体弱多病改习医业，拜祁门名医汪宦为师。在汪宦的指导下，徐春甫博览医着，认真钻研《黄帝内经》等医学经典，精通内、妇、儿诸科。
后来他寓居京师，开设“保元堂”行医，因医技精湛，在嘉靖年间应诏治愈了穆贵妃的危症，被授予太医院吏目。
徐春甫一生精勤笃学，着述甚丰，编着医书8部110多卷，是明代着书最多的医家。其代表作《古今医统大全》，概括了明代以前中医学的主要成就，被列为我国十大医学全书之首。
一体堂宅仁医会是由徐春甫于明隆庆二年（1568年）组织成立的医学学术团体。该医会汇集了8省客居京都的46位名医。它不仅是我国最早的医学社会团体，也是世界上第一个民间科技团体。
“一体堂”有两层含义，一是指医道同门，授受相传，原本是一体；二是指医家与病家本是一体，医者应该视患者的疾病犹如自身的疾病，才能尽其所能去医治。“宅仁”即“宅心仁厚”，体现了医者仁心、医乃仁术之意。
高武，明代着名针灸学家，约生活于十六世纪。鄞县（今浙江宁波）人，博学多才，通晓天文、乐律、兵法等，嘉靖年间考中武举。他晚年专注于医学研究，尤其擅长针灸。
其代表作《针灸聚英》《针灸节要》《针灸要旨》，《痘科正宗》等。他为订正穴位，亲制针灸铜人模型三具，男、女、童子各一，这在针灸史上是较为少见的。
《针灸聚英》汇集了明以前十多种针灸医籍的理论与临床经验，结合他自己的观点与体会而成，是一部具有重大学术价值的针灸学专着。
高武在学术方面，秉持尊崇《内经》《难经》的态度，提倡针、灸、药三者兼顾；他遵古不泥古，首立“东垣针法”；注重经脉经穴流注，首创腧穴主治归纳；重视实践，治学严谨，对子午流注纳甲法提出质疑，主张定时用穴，倡导子午流注纳子法。
张景岳（1563年-1640年），原名张介宾，浙江绍兴人。他祖上以军功起家，世袭绍兴卫指挥使，家境富裕。张景岳自幼随父亲学习，涉猎诸子百家和医经典籍。14岁时，他师从京城名医金梦石，尽得其传。
张景岳生性豪放，受先祖激励，壮年从戎，游历北方。但数年从军无所成就，后解甲归田，潜心钻研医道，终名噪一时，被奉为“（张）仲景（李）东垣再生”。
中年起，他潜心研究《内经》30余年，它对《黄帝内经》进行了全面、系统的分类编述和注释，集前人注家的精要，加以自己的见解，理论上有创见，注释上有新鲜，编次上有特色。
其最重要的代表作是《景岳全书》是一部全面而系统的临床参考书。
各科齐全，叙述条理清晰，其才学博洽，文采好，善雄辩，文章气势宏阔，议论纵横，多方引证，演绎推理，逻辑性强，故得以广为流传。
后世叶天士亦多承他的理论和方法。书中的温补理论影响深远，其中的《新方八略》《新方八阵》《古方八阵》，仿兵法八阵，把治病愈疾之法分为补、和、攻、散、寒、热、固、因八阵，取用药如用兵之意。
龚廷贤：字子才，号云林山人，又号悟真子，江西金溪人。他一生着述极丰，其中《小儿推拿秘旨》是我国医学史上最早的一部儿科推拿专着。《万病回春》和《寿世保元》两书流传较广，从理论上分析病理、症状和治法，并附有方剂及400味药性歌诀。
方有执：明代伤寒学家，安徽歙县人。他两番以中风、伤寒丧妻，五次以中风丧子，遂发愤学医。其一生笃志《伤寒论》研究，重新整理《伤寒论》条文，并在《伤寒论条辨》一书中，着重阐释了卫中风、营伤寒、营卫俱中伤风寒之源。他敢于疑古、创新，开“错简重订派”之先河，拉开了伤寒学派百家争鸣的序幕。
杨济时，三衢（今浙江衢县）人。世医出身，嘉靖三十四年（1555）被选任侍医，隆庆三年（1568）进太医院圣济殿，三朝任医官达46年，医迹遍及闽、苏、冀、鲁、豫、晋等地。在家传《卫生针灸玄机秘要》基础上，博采众书，参以己验，编成《针灸大成》，对针灸理论及临床又一次进行了总结。
傅青主：名傅山，字青竹，山西阳曲人，是明末清初着名的医学家，着有《傅青主女科》《傅青主男科》等传世之作。《傅青主女科》是一部颇有建树的妇科专着，其医学造诣很全面，故有“医圣”之称。
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