他的母亲卧病三年，蔡邕期间从没有解过衣带，甚至七十天没有睡过一个好觉。
蔡邕母亲去世后，他就在他母亲的墓旁，盖一间房子住下守孝。
建宁四年（171年），蔡邕被司徒桥玄征召为掾属，后出任河平县长，又被召拜为郎中，在东观校书。后升任议郎。
蔡邕精通音律，才华横溢，开创“飞白”书法。
他生平藏书多至万余卷，晚年仍存四千卷，是个文化宝库。
蔡邕为人直率刚正，屡次劝谏汉灵帝，得罪了不少人。
一次蔡邕因为流放后被赦免，正准备启程回郡的时候，五原太守王智为他送行。
酒喝足后，王智想与蔡邕对舞，蔡邕不理他。
王智是中常侍王甫的弟弟，本来很骄贵，丢了面子为宾客所嘲笑，就破口骂蔡邕说：“罪犯也敢轻侮我！”蔡邕振衣而去。
王智于是密告蔡邕诽谤朝廷，蔡邕于是远走吴会之地，在吴地共待了十二年。
董卓听说蔡邕大名，强逼蔡邕入朝为官，蔡邕入朝后被任命为代理祭酒，又被举为高第，历任侍御史、治书侍御史、尚书。
后又升任巴郡太守，被留任侍中。
初平元年（公元190年年），蔡邕被拜为左中郎将。
董卓虽然粗野，但对于士大夫从来都很是敬重。
在蔡邕的规劝下，董卓少做了不少坏事。
此时蔡邕也敞开肚皮品尝各位大臣送上来的粽子。
这些大臣在董卓死前，每日与王允府上哭天喊地，只会之乎者也，今天在董卓死后，总算能敞开心胸讨论政事。
众人正欢声笑语间，不知谁谈到了董卓，众人顿时又咬牙切齿咒骂开来。
骂完董卓还不解恨，不知谁又拿出董卓衣帽扔在地上，众人又是一阵践踏。
唯独蔡邕此时一阵长吁短叹。
众人对于蔡邕的特立孤行早就习惯了，没人在意，都装作没看见。
唯独王允大喝一声，揪着蔡邕的衣领一阵痛骂。
王允呵斥道：
“董卓乃人神共愤之逆贼，祸乱天下差点倾覆了汉室，但你却只想着董贼恩典，忘记了操守！现在上天诛杀了有罪的人，你却反而为他感到伤痛，这难道不是董卓死党吗？”
蔡邕面色苍白，赶紧顿首谢罪，但为时已晚。
众大臣看见不妙，赶紧拉来两人，纷纷劝解，王允仍然歇斯底里地要处置蔡邕。
王允执意将蔡邕收押，交给廷尉治罪。
蔡邕自知有罪，于是上表道歉，请求免于一死，只处以刻额染墨、截断双脚的刑罚，以继续完成汉史。
太尉马日磾亲自劝说王允：
“伯喈是旷世的奇才，清楚很多汉朝的事，应当让他续写汉朝历史，完成这一代最重要的典籍。而且他忠诚孝顺的名声一向显著，获罪也没有大的缘由，杀了他岂不是会丧失朝廷威望吗？”
王允则斩钉截铁地说：
“过去汉武帝不杀司马迁，让他写出毁谤的书，流传于后世。现今国家中途衰落，政权不稳固，不能让奸邪谄媚的臣子在幼主旁边写文章。这既不能增益圣上的仁德，又令我们蒙受毁谤议论。”
太尉马日磾看见王允态度如此坚决，只好作罢。
太尉回到府上，终日叹息，告诉别人说：
“王允这样不能容人的人，必定是个短命鬼。像蔡邕这样有道德的人，是国家的楷模；他写作的汉史，是国家重要的典籍。废弃了楷模与典籍，朝政还能长治久安吗？”
蔡邕死在了监狱里，王允后来后悔了，想赦免他却来不及。
蔡邕终年六十岁，听说他死后，众大臣和天下士大夫都为他恸哭不止。
各地都有人画蔡邕的像来纪念。
王允因为杀死董卓，获得了极高的威望，完全可以借此机会重振朝纲，恢复东汉王朝的和平安宁。
但蔡邕的死，让所有人刚刚燃起的希望又破灭了。
没有人再诚心诚意服从王允。
这个时候王允如果能静下心来，认清形势，妥善处理好各方面关系，起码能维持一段时间的和平。
但王允却认为董卓死后，天下从此太平，人人都会安分守己。
但王允错估了形势，即使是吕布都看出苗头不对。
吕布劝王允把收缴自董卓的金银珠宝分给众将士，以安抚人心。
当时李傕、郭汜作为董卓的凉州兵的统帅，在董卓死后，整日惴惴不安，害怕受到牵连。
于是李、郭二人向朝廷上表请求赦免，但遭王允拒绝。
其实刚开始王允在吕布等人的劝说下准备赦免他们。
可在朝会上与大臣们商议时，王允一时激动，竟说了一番引起轩然大波的话，他说：“李傕、郭汜等董卓手下，本来是无罪的，只是听从董卓命令行事。但如果不对他们进行惩罚，反而会让他们心里不安，会认为迟早要被秋后算账。不如惩罚他们一下，让他们以为已经受到了处罚，就不会再有别的想法。”
王允以己度人，认为每个人做错事受罚后就会从此安分守己。
李傕、郭汜两人刚开始也正如王允想的一样，准备接受惩罚。
可是后来一个谣言让形势变得一下剑拔弩张起来。
当时有一个传言说王允要杀光凉州人，这下不光李傕、郭汜，整个凉州都人心惶惶。
如果王允能及时安抚，事态还能控制住。
但王允此时却想遣散凉州兵，夺下凉州将领的兵权，还提拔同郡人宋翼为左冯翊、王宏为右扶风（汉时将京兆尹、左冯翊、右扶风称为三辅，即把京师附近的地区划分归三个地方官分别管理）。
这下凉州人更加确信谣言为真。
这时有人已经看出凉州兵的躁动，向王允建议说，凉州人素来害怕关东兵，可以任命名将皇甫嵩为将军，让其担任凉州兵的统帅，安抚其军心。
王允却以这样会引起关东兵不满为由，拒绝了。
如果没有一个被称为三国最精致的利己主义者，三国第一毒士贾诩的建议，事态依然可控。
李傕、郭汜正想单人独骑稍稍溜之大吉，可是贾诩却对李傕、郭汜说道：“听闻长安城中正在商议着打算把凉州人斩尽杀绝，而诸位抛弃属众独行，一个亭长就能把你们抓住。不如带领部队向西，沿途收敛士兵，再进攻长安，为董公报仇，如果能够幸运地成功，尊奉国家的命令征服天下。如果不能成功，再逃走也不迟。”此计被李傕、郭汜采纳。
初平三年（公元192年）六月，李傕、郭汜聚集了数万凉州兵以为董卓报仇为名杀向长安。
王允派吕布迎战，可吕布也曾经是董卓部将，怎么会全力以赴？
这时王允已经离心离德，没有多少人真心出兵相助，所以没多久，长安就被陷落。
吕布打算带王允一同逃跑，王允没有听从，最后王允被李、郭二人捉拿。
李、郭二人又以朝廷名义召宋翼、王宏到长安，将二人与王允一起斩杀，王允时年56岁，同时其十多位族人也遭杀害，和董卓一样被夷灭三族。
可叹王允虽痛恨董卓，想彻底清算董卓势力，却不能审时度势，最终遭到董卓余部的反噬。
吕布败给李傕、郭汜后，出武关来南阳投奔袁术。
袁术虽然厚待吕布，但吕布手下军纪涣散，袁术以之为患。
吕布弃了袁术又去投张杨。
后因李傕等通缉吕布，吕布因多疑而离开张扬，转身又投奔袁绍。
李傕、郭汜等处死了王允后，还想对皇帝刘协下毒手，还好樊稠劝住，二人改而挟持天子，据为奇货，当面索要官爵。
汉献帝刘协被迫封李傕为车骑将军、池阳侯，封郭汜为后将军、美阳侯，二人同假节钺，把持朝政，朝野上下，人心惶惶。
董卓之乱刚刚平息，天下又纷争不断。
史称李傕、郭汜之乱。