“这些是菊石兽、多次菊石兽、化石盔和镰刀盔，古老传说中的灭绝宝可梦。”小智解释道，但神色凝重。
“它们眼神凶狠，或许是被我们的到来惊扰了。”小霞推测，心中暗自戒备，这些远古生物的野性犹存。
“准备迎战，全员出动！”小智放出肯泰罗、妙蛙种子和杰尼龟。
“我们也来，大岩蛇、海星星、焰耳狐三只！”小霞等人加入战斗，共同对抗。
“它们冲过来了，主动出击！”
小智率先行动，众宝可梦合力对抗这些化石宝可梦。
因长期沉睡，它们行动迟缓，实力未复，逐渐败退，重归沉睡。
小霞、小刚与小智各自收服了菊石兽、化石盔等宝可梦。
突然，“吼！”一声巨响，黑影掠过，落在巨石之上，战斗似乎迎来了新的变数。
化石宝贝们一见它便颤抖不已，纷纷退避。
小智兴奋地发现是化石翼龙，这已灭绝的神奇生物，威力不减当年。
他立即指挥火恐龙：“上，火焰漩涡！”
化石翼龙未及反应，便中招受创，随即怒而迎战，以尖石攻击回敬。
“火恐龙，火焰拳抵挡，再冲锋！”
火恐龙遵命，挡下攻击后冲锋向前。
化石翼龙振翅高飞，继续投掷尖石。
小智急中生智：“火恐龙，挖地洞！”
火恐龙遁入地底，化石翼龙失去目标，焦躁之下对洞口释放破坏死光。
“时机已到，火恐龙，出击，喷射火焰！”
火恐龙趁机从背后突袭，火焰击中化石翼龙右翼，致其失衡坠落。
“追击，抓住它，地球上投！”
火恐龙跃起捕获，欲将其重创。
化石翼龙垂死挣扎，用“咬碎”重创火恐龙手臂。
火恐龙忍痛将化石翼龙重摔在地，怒发“炎之誓言”，烈焰将其吞噬至焦黑。
小智迅速收服化石翼龙，并传送回。
火恐龙怒意平息后，白光闪耀，进化为喷火龙。
小智欣喜：“喷火龙，你进化了！”
随后，小智请瑟蕾娜为喷火龙疗伤，并布置警戒。
他独自携皮卡丘深入洞穴，最终发现一尊巨大石像，与化石翼龙相仿，却因岁月侵蚀而面目模糊。
那物体隐约形似化石翼龙，一爪握蛋，一爪抓石。
小智与皮卡丘分别取物，石像瞬间化为碎石。
“这是mega进化石吧？属于化石翼龙的，这里竟然有？偶然？还是人为？”小智心中疑惑，收起石头，匆匆返回。
随后，他召回宝可梦，让喷火龙搭载小霞与小刚，自己则与瑟蕾娜借助比比鸟返回地面，趁着无人之际迅速撤离。
不久，大傻谷被封闭，禁止入内。
行至无人处，小智将波克比的蛋递给了小霞。
“小智，这是……”小霞一脸茫然。
“在大傻谷洞窟里找到的，我猜是波克比的蛋。”小智解释道，同时将蛋递出。
“波克比？为什么给我，而不是瑟蕾娜？”小霞不解，且对波克比一无所知。
“瑟蕾娜不适合，下次我会找更适合她的，这个，更适合你。”小智以谎言安抚，遵循原意。
“没关系。”
瑟蕾娜温柔回应，对小智言听计从，引得小刚暗自羡慕不已。
“真的吗？那我就不客气啦！”见瑟蕾娜无异议，小霞欣然接受。
路上，小霞急于了解波克比，不断向小刚请教孵化之法，满心期待。