是原本占据了三号机的使徒，它并没有被朗基努斯之枪刺死，Lilin用某种手段，让那个使徒以这种形态和Mark.06融合并在此时此刻苏醒过来。
使徒之间，互为敌人。
只有一个存在能回归亚当，剩余的都会被净化。
所以，第十三使徒，对渚薰发起了攻击。
渚薰失去了对Mark.06的掌控，但Mark.06依然拥有着增幅过后的AT力场。
这个AT力场仿佛结界一般，将渚薰封锁住。
Mark.06的S2机关在此刻爆炸了，其释放出的足以毁灭周边一切的能量，被限制在Mark.06的内部。
连爆炸的声音都没有，就像是一切收缩成了一个奇点。
渚薰和Mark.06一起，化作了虚无。
SEELE，魂之座。
“朗努基斯之枪终于回到了祂的手中。”
“所有的使者都完成了他们的任务。”
“虽然有些冒险，但我们的愿望终于要实现了。”
“条件还不完备，但也只能如此，再拖下去，恐生变数。”
“让EVA量产机，归于其原貌。”
“带给我等人类福音的真貌。”
“透过平等的死和祈祷，人们将归其原貌。”
“这也是灵魂的安息。”Keel议长说：“那就开始仪式吧。”
“现在让中心之树复活，我等仆从，EVA量产机，就是为了此刻而诞生的。”
碇源堂带着绫波丽，来到了最终教条区。
他提前Mark.06一步来到了这里，为了防止他手上的亚当胚胎引起渚薰的注意，他一直蛰伏着，等待Mark.06按照计划湮灭才现身。
他趟过了橙色的生命之水，抬头看向天花板上的大洞。
碇源堂的得知的计划当中，是要用莉莉丝来举行最后的仪式的，所以才让与亚当融合的他回到NERV。
但是从现在的情况来看，SEELE的真实计划，是要以初号机为神的替身，他也只是SEELE计划中的一部分。
不过他早有预料，老人们可不是那么简单就能处理的对手。
捕获了S2机关，并且融入了人类灵魂的初号机，同时拥有了生命果实和智慧果实，初号机已经有了成神的资格。
碇真嗣沉睡的灵魂醒了过来，朗基努斯之枪束缚住了初号机的动作，他什么都做不了，只能眼睁睁看着EVA量产机咬住初号机的光翼，将仿造的圣枪插入自己的胸膛。
强大的反AT力场，以初号机为中心爆发出来。
这便是第三次冲击的开始，与十五年前的第二次冲击如出一辙。
身处地下生态圈的明日香和美里，能透过那个大洞看到天空中的初号机。
美里想起了十五年前的记忆，她那个时候还是个孩子，和父亲一起在南极，见证了第二次冲击的发生。
唯有她被父亲塞进救生舱活了下来，其他人都死了。
“又来了吗？”美里咬牙：“难道我们还是什么都做不了吗？”
身处最终教条区的绫波丽，她的身上开始出现了变化。
她的身体好像太阳底下的冰淇淋一样融化了，开始失去人的形状。
“丽，AT力场没办法维持住你的人形了。”
碇源堂脱下了手套，他掌心融入了亚当的胚胎，呈现出一种扭曲的样子。
正在他想要触碰绫波丽的时候，伊恩终于骑着兵长抵达了最终教条区。
他只比Mark.06晚到十几秒钟，这十几秒钟是为了保护美里和明日香耽搁的时间，但就是这十几秒，Mark.06就消失得无影无踪了。
他不清楚到底发生了什么，但看到碇源堂和绫波丽出现在这里，一副要启动第三次冲击的样子，他便明白，渚薰恐怕和原来一样，被SEELE给算计了。
力天使、和子宫天使被初号机解决，鸟天使死于伊恩的手中，最后的自由天使迎来了他的宿命。
SEELE以伊恩没预想之外的方式，凑齐了人类补完计划的条件。
碇源堂看了一眼伊恩，咬咬牙，用力把亚当的胚胎伸入绫波丽的腹部，想要借此与莉莉丝融合。
“来吧，丽，把我带到唯那里去！”
“绫波丽！”伊恩大喊一声：“我也觉得你很适合当家庭主妇！”
长期指挥工人让他练就了一副中气十足的大嗓门。
绫波丽听到这句话，原本失去高光的眼睛，忽然亮了起来，猛地一下把碇源堂推开。
“我不是你的人偶！”快要融化的绫波丽，朝着伊恩这边跑来。
可是绫波丽却无法控制自己。
钉在十字架上的残缺莉莉丝生长到了完全状态，从莉莉丝的身体上传来巨大的吸力，莉莉丝的身体正在渴望自己的灵魂。
绫波丽飞到了半空中，被莉莉丝吸了过去。
“兵长！去绫波那边！”伊恩大喊，巨大的结晶柱在地面生长，给立体机动装置创造了载体
利威尔咂嘴，在空中回旋。
莉莉丝的身体坠落，合金墙壁、结晶柱祂的身体穿过了物质形成的事物，仿佛虚化的投影。
与此同时，一个碇源堂意想不到的人，出现在了出入口那里。
是赤木律子，赤木律子被许多人扶着，有人为她的伤口做了包扎。
碇源堂的那一枪擦着她的心脏穿过去了，在她昏迷过后，原本躲在指挥室的年轻人们救助了她，带着她来到了最终教条区。
“律子小姐，虽然发生了很多事情，但是我们都很感谢你一直以来对我们的照顾。”
这是青叶对律子说的话。
“还赶得及！”律子大声说：“绫波丽，把伊恩带到莉莉丝那里去，你们要去初号机，去真嗣那里！”
律子的话没说完，伊恩已经来到了绫波丽身边。
绫波丽彻底失去人的形状了，莉莉丝的身体砸下，砸入LCL之中。
伊恩和绫波丽一起融入了莉莉丝，那个纯白的身躯出现了变化，变成了绫波丽的形状。
律子微笑：“剩下的，就交给你们了。”
啪的一声，她和在场的所有的年轻人，包括碇源堂，都失去了AT力场，还原成了最原始的生命之水。