忍者具有丰富的药草知识，可以分辨毒药与良药，也可以制造一些药丸，比如治病解毒的紫金丹等，(卖药)熟知毒物和药物的忍者，只要用法用量适当的话，毒物也可以成为良药，忍者关于毒物的知识对药物开发起了巨大的作用。
除此之外，药物不仅可以治疗自身的伤痛疾病，而且还可以借此装扮成卖药郎混进敌人内部。
与“飞行术”“发暗器”并称“忍术三绝”的还有“施毒解毒术”。
忍术高手个个都精于此道。据载，忍术所用毒药是从矿物和动植物中提炼出来的，药力之强，足以致人死命；仅少许药量也足使人昏昏欲睡、瘫痪或暂时的精神错乱。
忍术的投毒手段很多也很隐秘，匕首、飞镖及箭的尖端蘸有毒药用于暗杀；食物或饮料中掺入毒药以谋杀；使用各种有毒物品如有毒的鲜花等，忍术的解毒术通用解药，是用草药和药酒等调制而成。
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“通过知识教授，宿主掌握了天气预报和辨认方向和寻找水源等方面的知识，结合宿主所理解的知识，居民懂的了怎么识别天气和辨认方向和寻找水源！”
忍者对野生动物的习性，也需要做到了如指掌，许多忍术，都是从野生动物习性学以致用的。
天文气象学，更是不可欠缺的基本忍术之一，例如，夜晚观察蜘蛛网上有没有水滴，若是有，翌日便是晴天；月亮周围有一圈月晕，或是月光比平日亮时，翌日则是雨天；深夜十二点、清晨八点、傍晚时分开始下的雨，可能会连续下好几天。
在深山中迷路时，用火烤热缝衣针针头，或是在针上涂上蜡，立即放在水中，针头所指的方向，便是北方。忍者身上的缝衣针，不仅可以用来分辨方向，也可以当成受伤、疲累时的针灸道具。
身上水壶内的水喝光时，怎么办？找蚂蚁洞或蝼蛄洞，有蚂蚁、蝼蛄的地方，附近必定有水源。
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“你跟着佐藤政信，然后去挑选一些适合训练的孤儿，由你负责那些孤儿的训练，我不管你怎么训练，首先要培养那些孩子对本家的忠诚度！你可明白？”
“臣下明白！殿下乃八幡大明神降世，拯救吾等秽多、非人与危难之中，吾等当为殿下赴汤蹈火在所不辞！”
看着一个50多岁的老头在自己面前咬文嚼字，源义境不禁感到有些错乱……