先从徭役，做帐方面动手，就事半功倍。所以需要检地，检地原本是中世庄园名主为了收入和贸易，对自己土地进行的自发检查。检地执行的对象是庄园，检查以庄园为单位，新垦田地的收成和面积情况，几乎不进行精细的实地丈量。
战国以后，检地帐逐步规范化，分为两个大部分。一是“本成方”或“本年贡”，即根据过去丈量土地而一直维持的年贡；另外一个是检地后新增加的年贡，称为“踏出”，又叫“名主加地子得分”，顾名思义，就是一块田的名主，通过开发或发现隐田，从而得到“加地子”的结果。
一般来说，兵农分离的着力点是先从赋税层面，把征税对象分为军役众和惣百姓。
从属于大名或武士、负有军事任务的“军役众”，只需要缴纳检地以前的土地年贡（本年贡），而全额免除隐田年贡（踏出分），这种免除被称为“御免”。
全额免除踏出分，并不仅仅是大名对部下特别的爱惜，更主要是意味着将踏出地从原来的寺社名下进行没收，经过大名的恩给，重新分配给自己的军役众。
依靠控制庄园扩大实力的守护大名，经过没收土地、免税，以权力主导，剥离了武士团和作为在地力量的寺社之间的土地关系，再以分封形式重塑封建主从关系，实现了向战国大名的转型。以上通过分封重塑权力的过程，在日本称为知行制。
至于惣百姓，免除40%年贡，被称为“四纳所免”，仍然保持与寺社的各种关系。
两者相比，军役众可以免税或只征收占惣百姓1/5到1/4左右的年贡。
如此一来，逻辑上就说得通了。
室町到战国的检地，虽然在制度上做出大量突出，征发规模越来越大，但这种突破是建立在权益等价交换的基础上。让武士和军役众心甘情愿从土地上剥离出来，并对在地力量形成统治，不仅仅需要封建名分和伦理，在价值观上的动员，还需要给予切实的利益，以御免为手段进行重塑，很多时候还要保持对原领主权益的承认。
在今川氏和后北条氏的基础上，织田信长的检地就很能反映承认和利益兑换的实质。
首先，他在检地的同时，发出“御朱印方”，先对检地帐上的土地所有者权利作出承认，巩固现成有力者的利益。
然后，指示柴田胜家从东谷檀那院名下的越前织田庄开始着手改革，将该庄原来的本年贡、踏出分、公事等复杂的年贡，统一变为“分米”负担。在分米负担制下，直接从事某片土地经营的作人，完全负担该片土地的年贡，尽量按米来计算。相应的，承担完全年贡的作人，对土地的支配权也得到了扩大。
相当于说，通过御朱印状对原有名主的安抚，在尽量少动摇原有利益者的前提下，基层土地所有权，以分米负担的形式，开始从名主向作人转移。
石高制和贯高制不同，它是一种不按面积而按法定标准收获量来表示(或逆算)封地或份地面积的制度，指的是以公定的土地预估生产量，乘以土地面积得出来的一种数据。
对大名和武士而言，“石高”是授受封地(或禄米)以及承担军役的基准，即石高知行制(知行，原义为行政管理，后转为封地制或与之相当的俸禄)或石高知行军役制(如每百石出军役5人)。对农民而言，“石高”则是农民持有(不是私有、无所有权)份地(不是封地)数量以及承担赋税的基准。后来，德川家康统一日本，石高又成了各大名税贡、劳务、军役等义务的依据，德川幕府会根据各藩国的石高的多寡来课征，是其控制全国的重要手段。
在具体征税的过程中，首先要通过检地，为每村建立土地清册，按一地一人（一地一农）原则，在检地账上登记拥有作职（耕作权）的人的姓名（名请人、本百姓），使其承担缴纳年贡之责，即年贡负担者。由此又确立了领主制下的单婚小家庭耕作体制，其耕作面积一般不超过1町步。
这种石高制的实行，等于是领主直接向农民或以村为单位，按二公一民、三公二民、四公六民又或是其他什么比例征收年贡（甚至传言有的大名搞过八公二民），这很大程度上排除了庄园制时代复杂的中间盘剥，否定家臣或地方豪族(地侍、有力名主、大百姓等)的土地所有权，及其对农民的奴役、征收实物等权力，推进由地方官吏管辖的村落制度。
同时，这样也避免了农民隐藏收入不交税的情况，毕竟在以收获物百分比征收税赋时，农民很容易隐藏收入，并且粮食产量还不是一成不变的，很容易因为天气原因而减产，因此在日本当时的环境下，就不如定下这样一个制度，对政府的财政收入也很稳定。