慕容宝死后，南燕的长史带头发起叛乱，开城投降了北魏，无奈的慕容德只得率军从河南撤离。他听说有个和尚善于卦算，于是找他为自己占卜该去哪里，最终决定向南前往山东。而后燕的慕容盛为了吸取父亲慕容宝因懦弱而亡国的教训，对群臣严加管教，采用严刑峻法，结果引起了属下的反叛，最终被杀。慕容盛死后，整个慕容家在又经历了一段血雨腥风的储位之争后，由慕容宝的弟弟慕容熙登上王位。
后秦的太后去世，主上姚兴哀痛不能自已，悲伤得甚至无法处理政事。姚兴勤于政事，喜欢听取谏言又知人善任，同时还骁勇善战，多次亲征吞并周边势力，后秦在他的英明治理下蒸蒸日上。
很快，姚兴成功大败乞伏乾归，乞伏乾归不得已投降了南凉——西秦暂时灭亡。此时的南凉君主是秃发利鹿孤，手下劝谏他说：“乞伏乾归本是我们的臣属，后来犯上作乱自己称帝，现在因形势所迫前来归附，并非出于真心，早晚会成为祸患。不如将他囚禁于腹地，这样即使将来他想要叛变也无法成功逃出我们的控制。”秃发利鹿孤反对道：“他因穷途末路前来投奔，如果我们不以诚心相待，将来如何吸引更多的人前来归附。”之后乞伏乾归果然又叛变投降了后秦，南凉的臣子都劝秃发利鹿孤杀掉乞伏乾归的儿子乞伏炽盘，但秃发利鹿孤为了显示自己的宽仁大度选择放过了他。
然而秃发利鹿孤怎么也想象不到，自己的一念之仁会导致国家的悲剧。因为在不远的将来，正是乞伏炽盘重振了西秦，灭亡了南凉。
西秦灭亡后，秦军又快马加鞭地进攻后凉。而后凉则刚刚经历内乱，国君吕篡被杀，整个国内已是一盘散沙，自然不是秦军对手。最终吕氏宗族不得已投降了后秦，后凉宣告灭亡。
北魏屡次出现天象异变，大臣们多方查阅古籍，显示王位将会发生变动。拓跋珪十分担心，于是下诏对众人洗脑，向他们灌输拓跋氏承继大统是天意，不可更改的理念。拓跋珪还派人去邀请仙士炼制长生药，再让有罪之人替自己试药，很多人因此丢掉了性命。
之后拓跋珪为了与后秦交好，十分有诚意地派遣使者前去联姻，结果姚兴因为拓跋珪已经册立过皇后断然拒绝了此事，导致与北魏结下梁子，恼怒的拓跋珪不断扩充军队，积聚粮谷，准备与后秦对阵。
而正在这个时候，一个新的少数民族登上历史舞台——柔然，将会成为继匈奴和鲜卑之后在蒙古草原上崛起的另一部族。柔然想要讨好后秦，于是派遣士卒前进攻北魏，结果被打得大败，不得不逃往漠北。之后柔然成功抢夺了高车族的领地，又接连打败了附近的斛律部和匈奴遗种，疆域西临新疆，东抵朝鲜，南到大漠，占据了相当于今天整个外蒙古的地方。
战胜柔然后，拓跋珪亲自率军进攻后秦，他趁姚兴还未到来的时机，出奇兵先占据了重要隘口，然后渡河成功建立包围圈，将后秦的军队切割成两段后各个击破，最终大败姚兴，擒获两万多人。姚兴眼见兵败却无能为力，只剩放声痛哭，响彻山谷，最终不情不愿地派人求和，然而拓跋珪却不肯答应，多亏后方柔然再度进攻，才使得他迫不得已率军回防。
蛰伏了一段时间的孙恩再度卷土重来，率兵进攻东晋的沿海城市，刘牢之得到消息后马上带军还击，刘裕更是接连打败叛军，孙恩无奈之下只好再次带领军队逃往海上。但是由于百姓支持孙恩，不断投靠到他的麾下，致使官军越来越少，叛军越来越多，此消彼长之下，双方兵力越来越悬殊。于是刘裕只好另想对策，他命令士兵将旗帜全部收起，并将精锐尽数掩藏，只派遣老弱残兵出城作战。叛军以为刘裕手中已没有强兵，争相进入城中进攻，正好碰上刘裕埋伏好的精锐，被打得大败。然而晋军兵力有限，很快就遭到了叛军反击，刘裕身边的将领几乎全数阵亡，又一次只剩他一个人，而他也再次展现出了“以一敌千”的本领，叛军见怎么进攻也杀不死他，只好撤退。不久双方再次对阵，结果刘裕只用了不到一千的残兵就大败孙恩，致使叛军有的掉下悬崖，有的跌入水中，孙恩自己也被弄得十分狼狈，不得已再次撤退。
几次败给刘裕之后，孙恩的兵力已严重不足，他不想落到被官军抓活的下场，于是选择了跳海自杀，追随他一起死的信徒超过百人，被其他党羽尊称为“水仙”。孙恩死后，剩余的几千部众又推举了他的妹夫卢循担任新任首领。
孙恩虽被平定，但朝廷的另一大隐患——桓玄却仍无法无天。于是司马元显暗中派人联合刘牢之商，想要与他共同袭击桓玄。刘牢之听完司马元显的计划后，认为很难成功，不禁面露难色。使者返回后对司马元显说：“我看刘牢之的神色并不坚定，恐怕会背叛您，不如将他召入朝中杀掉，免得将来破坏您的大事。”司马元显需要仰仗刘牢之的兵力来对抗桓玄，所以没有听从，而是开始训练水军，修筑战舰，为讨伐桓玄做准备。
刘牢之本来就不与司马元显亲近，再加上自己功名日盛，担心桓玄被消灭后下一个就是自己，于是始终不肯出兵帮助朝廷，刘裕多次请求进攻桓玄，刘牢之都没有答应。
不久后，桓玄也派人前去游说刘牢之：“自古以来，功高盖主之重臣很少能够善终，越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都曾尽力为君王打下江山，然而攻成之后也全都身首异处。如果你为朝廷消灭了我，就会成为下一个眼中钉，如果战败了则一样会受到严惩。”
刘牢之深知他、桓玄与司马元显已呈“三足鼎立”之趋势，两方联手就能顺利平定第三方，然而一旦他消灭了桓玄，就无力再对付司马元显了，于是主动向桓玄请降，即使刘裕极力阻止他也不再听从。之后，再无后顾之忧的桓玄势如破竹地攻入京城，守军看到后全部四散逃亡。在桓玄的逼迫下，晋安帝不得不下诏将司马道子和司马元显全部斩杀，尸体悬挂于街市中。
司马元显死后，桓玄得以总览大权，特意将刘牢之封为文官，实则剥夺了他的兵权。有人劝刘牢之进攻桓玄，刘牢之也在私下询问刘裕的意见：“我想带领部队前往北方，等待时机匡扶社稷，你愿意同去吗？”刘裕无奈说道：“将军您之前本来拥有数万强劲的士卒却望风而降，如今桓玄已然得志，威名震动天下，哪里会给您机会前往北方呢？我刘裕如今只想脱下战甲，返回京口（江苏镇江）了。”另一位手下也说：“世上最无法原谅的行为就是背叛，而您先背叛了王恭，又背叛了司马元显，现在如果再背叛桓玄，就达到三次了。若如此，天下人会怎么想您呢？”
最终，绝望无奈的刘牢之，在不断担心被桓玄除掉的恐惧之下，选择了自杀。他死后，桓玄命人撬开了棺木，将他的尸体暴露于街市。此后，桓玄接连杀害众多曾隶属于刘牢之的北府旧将，刘裕眼见形势危急，赶忙前去向他投诚。桓玄早就听闻刘裕的大名，喜爱他的骁勇，于是委以重任，而这也将成为他最后悔的选择。
在孙恩和桓玄的接连叛乱下，东晋发生了饥荒，户口减少了一半，有些城镇的百姓甚至全部死光。富贵人家虽然仍能穿金戴银，但钱财却已换不来粮食，于是只能紧闭门户，全家穿戴精致然后一起饿死。