当时还出现一个有意思的现象，由于南方的刘宋与北方的魏国相互割据，谁也不服谁，为了体现自己的正统，便纷纷使用对方州县的名称来命名自己的州县，比如北魏境内也有以“徐州”和“扬州”命名的地方，然而真正的徐州和扬州其实都归刘宋管辖。
拓跋焘和崔浩都十分信奉道教而不喜欢佛法，崔浩常说佛学荒诞虚无，劝拓跋焘早日将其处理。后来关中农民不堪于北魏的统治而发动起义，拓跋焘前去平叛时正好进入长安一间佛寺休息，结果他的下属却在和尚的居室内发现了很多兵器。拓跋焘怀疑他们与叛军勾结，就下令将所有和尚全部斩杀，之后搜查佛寺财产时，又发现各州官员和富人竟在此寄存了数以万计的财物。拓跋焘大怒，崔浩趁机建议他将全国的和尚全部处死，所有佛经和佛像全部毁掉，并严禁平民再信奉佛教，这便是史上著名的“太武帝灭佛”运动。
多亏太子拓跋晃是信奉佛教的，他看屡次劝谏拓跋焘都不听，于是将诏书故意拖延，使得远近各方的寺庙与和尚能有充分的时间藏匿起来，使得一部分佛学典籍得以保留。
之后拓跋焘数次带兵亲征柔然，多次大败他们，虏获子民和牲畜无数，柔然自此日渐衰弱，再不敢入侵北魏边境。
解决后顾之忧的拓跋焘，终于可以将全部精力放在南方的刘宋身上，于450年2月率领十万骑兵突然向他们发起了进攻。魏军昼夜不停地攻城，他们制作了很多战车，利用它们登上高处并向城内射箭，一时间箭如雨下。刘宋的守军由于侦查不利，并没有提前做好防备，只好临时在城内建造了一道围墙和木栅来抵抗。魏军又将沟壑填满，强行登城与宋军肉搏，双方的尸体很快就堆叠得也和城墙一般高。宋军越战越勇，将士无不以一当百，很快就杀伤上万魏军。
镇守彭城的刘宋宗室大臣刘骏为抵抗魏军，征调了附近所有战马，将军队一分为五，直攻北魏后方的河南。魏军正在安徽与宋军对阵，完全没料到还有军队能从东边江苏的方向进攻，于是刘骏成功偷袭，烧毁敌军辎重无数立下大功，而他也将在未来成为刘宋的第五位皇帝——孝武帝。
拓跋焘接连进攻四十二天却始终无法攻克宋军的防线，不甘之下也只好撤军。为了找回面子，临走前他还特意用挑衅的口吻给文帝写了一封信：“前段时间我国关中百姓造反，你竟派人前去支援他们武器，还诱导他们逃往南方。你身为大丈夫，想要领地为何不自己攻取，而使用这种奸邪小人的做法？柔然、夏国、北凉、北燕、吐谷浑都曾是你的盟国，现已被我一一灭亡，你若还想延续刘家的香火，就乖乖将长江以北全都割让给我，不然明年我就南下攻取你的扬州。如果我在白天命令骑兵将你们包围，晚上再利用他们的机动性撤离到百里之外，你们宋军虽然擅长趁夜偷袭，然而步兵行走五十里天就亮了，还如何成功？所以你根本不是我的对手，还请仔细思量！”
其实拓跋焘说得没错，刘宋已接连折损了檀道济和裴方明等名将，战力大打折扣，长此以往必然不是北魏对手，只要拓跋焘坚持南征，本来很有机会一统天下。然而就在这个重要时刻，他自己竟也昏了头似的自断臂膀——把崔浩给杀了。
话说崔浩一向自恃才能，又因得到拓跋焘的宠信而将大权独揽一身，久而久之便开始恃宠而骄，行为不再谨慎。拓跋焘曾命他编写北魏的历史，结果底下官员为了讨好崔浩，竟将他编写的文字刻在了石碑上，想让来往行人都能欣赏他的才华——正是这一溜须拍马的举动要了崔浩的命。
因为崔浩秉承着史官“还原保真”的理念，将拓跋氏先祖的事迹真实且详细地记载了下来。要知道，早期的拓跋鲜卑还处于未开化的蛮荒状态，不光茹毛饮血、男女不分，甚至还用石头建造房屋，这样的历史在他们自己眼中简直就是“丑事”。结果如今不光公之于众，还被刻在石碑上供路人谈笑，怎能不引起大批鲜卑族人的不满？他们纷纷向拓跋焘控诉崔浩刻意抹黑，拓跋焘得知后大发雷霆，立刻下令将崔浩逮捕入狱
一同编写北魏国史的还有高允，也是太子拓跋晃的老师。崔浩被抓后，拓跋晃为了保护高允，特意将他传召入宫，并嘱咐道：“明日我同你一起面见父皇，到时无论他问什么，你都要按我的话去做。”
第二天，拓跋晃带着高允前去对拓跋焘说：“高允做事小心，官位低微，就算参与编辑《国史》，崔浩也根本不会使用他的文章，还请您赦免他的死罪！”
拓跋焘听后，面露凶相地对高允说：“难道《国史》只是崔浩一个人写的吗？”
“当然不是，崔浩只是校订，并没有撰写多少，很多工作其实我做得比他多。”高允淡定地说。
“好啊！”拓跋焘大怒：“这么说，你的罪过比他还要大！”
一旁的拓跋晃被父亲这一吼吓到，但还是坚持为高允求情：“父皇威严庄重，高允是被您给吓到了，惊慌失措之下才会胡言乱语，儿臣先前问过他，确实都是崔浩所做。”
“真的吗？”拓跋焘再次看向高允。
“臣的罪过该当灭族，但始终不能欺瞒陛下。太子因臣对他有授业之恩，可怜为臣，想要为我谋求生路，还请陛下不要怪罪他。”
拓跋焘听后脸上反而露出了笑容，欣慰地对拓跋晃说：“你看，这样的人才是正直！谁能做到像他这样即使面临生死，仍能坚守诚实？”于是将他赦免。
之后拓跋焘叫来崔浩亲自审问，崔浩惶恐得不知如何答复，最终被处以诛灭五族的刑罚。
在被送往刑场的路上，还有数十个鲜卑士兵为了报复往崔浩身上撒尿来泄愤，就连路人都能听到他嗷嗷的惨叫声，可谓十分悲凉。
当初，有两个与崔浩同族的亲戚一直被他看轻，相互之间的关系也不十分友善。所以等到崔浩被处死，与他有关的亲属全被诛灭，唯独这两个人家得以幸免——塞翁失马，焉知非福，古人诚不欺我！
张宾、王猛、崔浩可谓那段历史中最强的三大谋臣，全都具备料事如神，纵横天下的才华，也都相助主君立下了不世之功。然而张宾和王猛都活到寿终，唯有崔浩死于非命，足见拓跋氏不能容人。
崔浩死后，拓跋焘向北巡视蒙古时，再也抑制不住情绪地对左右说道：“崔司徒死得可惜了！”来表达后悔的心情。
林邑（越南）王虽臣服于刘宋，但依然屡次进犯边境，进贡的物品也越来越少。文帝忍无可忍，派兵前去讨伐。林邑王听说后立刻将所掳掠的百姓全都送回，还献上一万斤黄金，十万斤白银作为赔偿。文帝看他这么有诚意，加上不愿劳军远伐，只得妥协同意了他的讲和。之后林邑王再度反叛，并派出了当地引以为傲的“大象阵”来对付宋军。面对数不胜数的大象，宋军将领聪慧地制作了很多狮子状的东西来威吓大象，最终成功大败敌方军队并攻克了林邑，获得珍宝无数。
胸怀大志的文帝经过一段时间准备后，决定再次北伐。他希望趁着夏季雨水增多，河道畅通无阻之际，让本国擅长的水军尽快向北攻克滑台（河南），抢夺敌人的粮草来招揽当地百姓，然后就能继续攻战重城洛阳。于是全国开始大规模动员，所有王公、嫔妃、官员、富户以及僧人，都要献出金帛财产以助军用。由于担心兵力不够，文帝又下令征调江苏、山东、河北、河南等地的百姓，要求每三个壮丁就要选出一人当兵，十天之内必须起行——决心可见一斑。
宋军此次前来气势十分强盛，武器也十分精良，关中和河南等地的百姓听说后纷纷反叛北魏前去响应，争相将自己的粮食送给他们，不少魏国守将弃城而逃。拓跋焘听说后，立刻下令前线将士全都后撤，并说：“如今天气炎热，不利于作战，加上我们的马匹也尚未肥壮，理应暂避锋芒。”
450年10月，入秋后天气凉爽，拓跋焘亲率大军渡过黄河进攻宋军，斩杀上万。