柳生善太郎带领警视局参与了八一八政变，赶走了长州藩，随后在第二年发现长州奸细以及长州藩酝酿的火烧京都，抢夺孝明帝的计划。
善太郎直接突袭池田屋，抓捕逆贼，长州藩被朝堂宣布为朝敌。
幕府准备讨伐长州藩，长州藩自知不敌，选择了投降。
第二年，高杉晋作等人夺取长州藩政权，暗中与萨摩藩联手倒幕，将军德川家茂亲自担任总大将讨伐。
善太郎请命，让一桥庆喜要来了御锦旗，作为幕府军先锋攻打长州藩，只是幕府军其他部队不是长州藩新军对手，战事陷入焦灼。
警视局虽然压制了长州藩新军，因为弹药不足难以为继，但是将军德川家茂病死，一桥庆喜继位后，反而宣布撤军。
随后长州萨摩倒幕。
孝明帝病死，明治帝继位，朝堂变向。
随后鸟羽伏见之战爆发，警视局千人参战，击败萨摩军，但幕府军被长州藩击败，德川庆喜逃亡江户，之后投降。
善太郎带着警视局因为弹药不足，只能后撤，最终退到北海岛建立北海共和国，与明治政府抵抗。
最终在西方列强调解下，双方罢战，善太郎开始治理北海共和国。（完）